주인공 용미는 생활고에 시달리는 싱글맘입니다. 이혼 후 아이 둘을 건사하기 위해 평일에는 미화원, 저녁에는 편의점, 주말에는 가사도우미로 일합니다. 밤새도록 증권사 미화원으로 일하지만, 쉬는 공간조차 마땅치 않아 사무실 한편에 앉거나 옥상에서 개인 시간을 보냅니다. 새벽에 퇴근한 용미는 피곤한 몸을 이끌고 아이들을 학교에 데려다 줍니다. 그래도 생활이 나아지지 않자 고민 끝에 “주말 근무도 파트장에게 부탁해 봐야겠다”고 결심하죠. 두 아이와 살아갈 생각에 용미는 자신의 몸을 돌보지 못한 채 돈을 벌 궁리를 합니다.

증권사에서 일하는 미화원들은 다양한 차별에 맞서야 합니다. 정규직 직원들의 무시와 폄하를 견디는 것도 그들에겐 일상입니다. 사무직 직원이 사라진 시계를 두고 청소 과정에서 미화원이 가져갔다며 인경을 의심합니다. 파트장 역시 인경을 몰아붙이며 시계를 내놓으라고 합니다. 차곡차곡 모은 인경의 통장을 두고 “돈이 왜 이렇게 많아?”, “청소해서 이만한 돈을 모을 수 있나요?”하며 무시하는 발언도 서슴지 않습니다. 용미 덕분에 사라진 시계를 찾고 누명을 벗지만 억울함은 쉽게 가시질 않습니다.

드라마 <클리닝 업>은 진행될수록 두 딸을 지켜야 하는 용미와 배신자를 찾아내려는 내부자 거래단의 치열한 두뇌 싸움으로 치닫습니다. 치밀하게 조직된 내부자 거래단에게 미화원 용미의 정체가 발각되자 내부자 거래단의 캡틴은 불같이 화를 냈습니다. 용미는 인경의 집으로 피신하지만, 결국 내부자 거래 모임이 해체되고 엎친 데 덮친 격으로 증권사에서 권고사직까지 당했습니다. 이에 용미는 아예 청소 회사를 차려 새로운 도전에 나섭니다.